Die Varroamilbe ist der Hauptfeind der Honigbiene. Die Milbe ist ein Parasit, der sich vom "Blut" der Biene ernährt. Neben der Schwächung der körperlichen Konstitution der Wirtsbiene überträgt die Varroamilbe auch Viruserkrankungen. Nimmt die Milbe im Bienenvolk überhand, verendet das Volk. Insbesondere Völker, die zusätzlich noch durch Pflanzenschutzmittel und Unkrautvernichtungsmittel geschwächt sind überleben nur bei rechtzeitiger Milbenbekämpfung durch den Imker. Zur Milbenbekämpfung dürfen zugelassene Insektizide eingesetzt werden, die meisten Imker sind aber inzwischen dazu übergegangen, Milchsäure, Ameisensäure, Oxalsäure oder Thymol (Thymianöl) zu verwenden, da diese Stoffe bei richtiger Anwendung keine Rückstände im Wachs der Waben bilden und auch in der freien Natur vorkommen.

Antibiotika werden nur im nichteuropäischen Ausland eingesetzt, um eine gefährliche bakterielle Erkrankung der Honigbiene zu bekämpfen. In Deutschland wird beim Auftreten der Amerikanischen Faulbrut der gesamte Bienenstock und das Wabenmaterial verbrannt und falls die Bienen noch gerettet werden können, diese mit Zustimmung des Amtstierarztes in einen neuen Bienenstock umgesiedelt. Aus diesem Grund ist deutscher Bienenhonig nicht mit Antibiotika belastet, außereuropäischer Honig jedoch wohl. Da nichteuropäischer Honig aufgrund der Antibiotikagabe zu mehr als 95% mit Sporen der Faulbrutkrankheit belastet ist, sollten damit keine Bienen gefüttert und leere Honiggläser vor dem Einwerfen in den Altglascontainer ausgespült werden. Ca. 90% des in Deutschalnd verkauften Honigs  kommt aus Nicht-EU-Ländern. Es gibt zu wenig Imker in Deutschland, um den Eigenbedarf Deutschlands zu decken.

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